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Plateforme & installation | Génomique

Plateforme ARN interférence

FAQ


​Foire aux questions

Publié le 30 juillet 2018

​F.A.Q.

Quels types de criblages pouvez-vous réalisez ?


Notre plateforme a la capacité de mettre en œuvre des criblages sur cellules humaines en lignée et adhérentes, au format miniaturisé 96 et 384 puits. Les lignées utilisées pour le criblage doivent obligatoirement être transfectables par de petits oligonucléotides.

Pour les quantifications cellulaires, nous disposons d’un microscope de criblage à haut contenu permettant l’acquisition et l’analyse automatisées d’images en microplaques. Cette approche permet le « phénotypage cellulaire », c’est-à-dire la quantification de paramètres cellulaires multiples (morphologies, intensités de fluorescence, textures…) sur 4 canaux de fluorescence.

Notre plateforme dispose aussi d’un lecteur de plaques multimode capable de mesures en colorimétrie, fluorescence, luminescence et dual-luminescence (« flash » et « glow »). Enfin, grâce à un ensemble de laveurs de plaques et de distributeurs fluidiques, nous avons également la capacité de réaliser des criblages par test ELISA.

Nous avons la capacité d’aborder différents types de cribles :
-Crible direct, où l’effet du perturbateur (siARNs, « mimiques » ou inhibiteurs des miARNs) est directement mesuré sur le processus biologique d’intérêt
-Crible modificateur, au cours duquel l’effet du perturbateur est mesuré avec et sans traitement modificateur (par exemple, pour quantifier le rôle spécifique des gènes ou des miARNs dans la réponse à un traitement chimiothérapeutique).
-Crible combinatoire, où des perturbateurs sont combinés deux à deux pour par exemple analyser des interactions épistatiques. Le STaRs Assay développé dans notre laboratoire est une forme de crible combinatoire.
 

Quels types de criblages ne pouvez-vous pas réaliser ?


Nous disposons exclusivement de banques ciblant des gènes ou des miARNs humains, aussi nous ne pouvons pas accepter, pour le moment, les projets de crible sur cellules non humaines.

Pour des questions de reproductibilité des résultats, nous ne travaillons qu’avec des cellules en lignées. Tout projet de crible sur cellules primaires doit faire l’objet d’une étude de faisabilité au cas par cas.

Nous ne pouvons pas apporter de réponse immédiatement positive à un projet basé sur des lignées cellulaires non adhérentes, souvent difficiles à transfecter, et qui limitent les possibilités d’analyse en imagerie. Un tel projet doit également faire l’objet d’une étude au cas par cas.

Quelle est la durée moyenne d’un projet de criblage ?


Il faut dissocier l’étape de mise au point d’un test cellulaire miniaturisé de la campagne de criblage proprement dite. L’étape de mise au point nécessite une durée moyenne d’environ 3 mois, indépendante de la nature ou de la dimension de la banque à cribler.

Le criblage proprement dit d’une banque siARN de dimension pangénomique humaine nécessite approximativement 3 mois de travail supplémentaires, tandis qu’un crible miARN « mimic » ou inhibiteur (ou une banque siARN thématique) ne prendra que quelques semaines.

Bien entendu, ces durées moyennes sont données à titre indicatif, et sont à ajuster au cas par cas en fonction de la dimension du crible, de la complexité et du degré d’avancement du test cellulaire au démarrage du projet. 

Quelle est la fourchette tarifaire d’un projet de criblage ?


Le coût en réactifs et consommables d’un projet de criblage siARN pangénomique humain se situe dans une fourchette large comprise entre 20 et 50 K€.

Un crible miARN antisens ou mimic pangénomique humain coute entre 5 et 10K€ de consommables.

Ces coûts sont essentiellement dépendants du système rapporteur utilisé. Par exemple, le cout d’une quantification pour une GFP exprimée stablement est marginal ; à l’inverse une quantification luciférase peut représenter jusqu’à 50% du cout en consommables d’un crible.

Dans le cadre d’une collaboration académique, seuls les couts en consommables sont facturés.

Les prestations font l’objet d’une tarification spécifique intégrant l’ensemble des couts de fonctionnement (salaires, charges, entretien et amortissement du matériel, frais d’environnement…).

Sous quels délais mon projet peut-il débuter ?


La réponse dépend entièrement du degré d’occupation de la plateforme au moment de la demande. Si le laboratoire demandeur dispose du financement, le délai moyen de démarrage d’un projet est d’environ 3 mois après la première prise de contact.

 

A combien de touches puis-je m’attendre à l’issue de mon criblage ?


L’expérience montre que la liste finale de touches représente environ 2 à 4% des cibles de la banque criblée (soit, pour le crible d’une banque siARN pangénomique, entre 400 et 800 gènes touches).