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Détection de la variole du singe : La spectrométrie de masse prouve encore une fois son efficacité


​Une équipe du Li2D (SPI, Marcoule) a rendu public le profil peptidomique du virus responsable de la variole du singe (MPXV) qu’elle a établi grâce à la spectrométrie de masse en tandem. Elle a notamment identifié 9 peptides strictement spécifiques du MPXV. Ces données doivent aider à mieux comprendre l’évolution de l’épidémie et permettent d’envisager la création de tests ciblés afin de potentiellement détecter la menace plus rapidement et empêcher une nouvelle épidémie.

Publié le 21 novembre 2022

Detection de peptides spécifiques de la variole du singe

Le 12 octobre 2022, l'Organisation mondiale de la santé (OMS) a déclaré avoir connaissance d'environ 70.000 cas de contaminations par le virus de la variole du singe (MPXV) dans 107 pays. L’infection par ce virus, un pathogène zoonotique isolé en 1970 dans différents pays d'Afrique subsaharienne, connaît récemment une recrudescence inattendue et préoccupante dans les pays non-endémiques. Le développement d'outils est donc nécessaire afin de surveiller et mieux comprendre l'évolution de l’épidémie. 

A l’exception de la PCR ou du séquençage génomique, les tests ne permettent actuellement pas de discriminer les différents Orthopoxvirus (genre auquel appartient MPXV). L'équipe du Li2D (SPI, Marcoule), qui avait déjà démontré l’efficacité de la spectrométrie de masse en tandem à haute résolution pour la détection de peptides signatures de SARS-CoV-2, a utilisé une méthode équivalente afin d’analyser des cellules infectées par le MPXV. Elle a notamment multiplié les stratégies d’acquisition des données afin de couvrir la « totalité » du protéome. 

Elle fournit dans son étude, publiée dans le journal Proteomics, un ensemble complet de données protéomiques de MPXV. Sur l’ensemble des peptides détectés de 152 protéines virales (couverture de près de 80% du protéome), l’équipe a montré que 9 peptides abondants étaient spécifiques de cette espèce de  virus et sont donc les plus pertinents pour la détection de cet agent pathogène. 

Un grand plus pour la Science ouverte 

Jusqu’à présent la composition du peptidome de MPXV n'était pas aussi documentée et aucune donnée brute correspondante n’était libre d’accès. Moins d'un mois après le rapport initial sur l'épidémie (13 mai 2022) les données ont été déposées dans une base publique (PRIDE, PRoteomics IDEntification Database de l’EMBL-EBI) inscrivant parfaitement leur démarche dans le cadre de la “Science ouverte”. Les informations disponibles peuvent aider la communauté scientifique à mieux comprendre le fonctionnement du virus et l'évolution de l'épidémie.

La manipulation d'échantillons MPXV est particulièrement contraignante du fait des risques spécifiques associés. La spectrométrie de masse étant possible sur des échantillons inactivés, elle pourrait jouer un rôle clé dans un avenir proche pour la détection rapide d'agents pathogènes.

Contact Joliot : 

Jean Armengaud (jean.armengaud@cea.fr)

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