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PeakForest, une infrastructure numérique au service de l’analyse métabolomique et l’identification des métabolites


​Un consortium de chercheurs, parmi lesquels les spécialistes de l'analyse métabolomique du SPI/DMTS, présente PeakForest, une base de données de spectres RMN et de masse, qui, au travers de son portail web, fournit des services de stockage et d'annotation de spectres de composés de référence ainsi que de profils métaboliques de matrices biologiques. Un outil ouvert, développé par la communauté française de la métabolomique, qui offre la possibilité de répondre aux besoins évolutifs de la discipline.

Publié le 22 novembre 2022

​LES DONNÉES DE LA MÉTABOLOMIQUE….

La métabolomique est l'étude de l'ensemble des métabolites (petites molécules) présents dans un organite, une cellule, un tissu, un organe ou un organisme à un temps donné et dans des conditions données. Elle utilise notamment la spectrométrie de masse (SM) et la résonance magnétique nucléaire (RMN). C'est une approche puissante car les profils des métabolites et leurs concentrations, contrairement aux autres mesures "omiques" reflètent directement l'activité biochimique sous-jacente et l'état physiologique des cellules/tissus. Cependant, l'identification des métabolites dans les échantillons biologiques, élément clé de la recherche en métabolomique, souffre du manque de données spectrales de référence et de difficultés logistiques (gestion des données, échange d'annotations entre laboratoires).

…ACCESSIBLES FACILEMENT GRÂCE À PEAKFOREST

Afin de pallier ces difficultés, les chercheurs ont développé l'infrastructure PeakForest, un outil « open-source » avec une interface graphique et des interfaces de programmation automatique, qui peut être déployé localement afin d'organiser les données spectrales pour l'annotation du métabolome dans les laboratoires. PeakForest offre pour la première fois la possibilité de capturer et de stocker des données et métadonnées spectrales expérimentales SM et RMN (puis, à moyen terme, de données issues d'autres techniques spectroscopiques), de collecter et d'afficher des annotations de signaux, de manière structurée et centralisée au niveau de chaque laboratoire. Cette nouvelle ressource facilite ainsi le partage de telles données entre laboratoires et leur intégration dans des bases de données publiques.

PeakForest est accessible librement à l'adresse :
https://github.com/peakforest et https://peakforest.org/

CONCLUSION

En levant un verrou technique, à savoir l'annotation des données spectrales à grande échelle et l'identification des métabolites, et en s'appuyant sur l'expertise et l'expérience des membres de l'infrastructure nationale française de métabolomique et de fluxomique (MetaboHUB), PeakForest favorisera la mise en œuvre de bases de données spectrales FAIR (Findability, Accessibility, Interoperability, Reuse) au profit de la communauté métabolomique.

Contact CEA/Joliot : Étienne Thévenot (etienne.thevenot@cea.fr )

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