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Virus de l’hépatite E : AlphaFold à la rescousse pour mieux comprendre comment ce pathogène multiplie son génome


​Des chercheurs de l'équipe « Interactions et mécanismes d'assemblage des protéines et des peptides » (I2BC) dévoilent un modèle atomique de la polyprotéine de réplication du virus de l'hépatite E obtenu grâce au programme d'intelligence artificielle AlphaFold. Le modèle permet de mieux comprendre comment ce virus à ARN multiplie son génome dans les cellules infectées. 

Publié le 8 février 2023

​Le cycle de vie du virus de l'hépatite E mal caractérisé

L'hépatite E est une inflammation du foie provoquée par une infection par le virus de l'hépatite E (VHE). Il y aurait chaque année 20 millions d'infections par le VHE dans le monde et 3,3 millions de cas symptomatiques d'hépatite E. La maladie est en général spontanément résolutive. Néanmoins, elle peut parfois évoluer vers une insuffisance hépatique aiguë, risque accru chez les femmes enceintes. De plus, elle évolue en infection chronique chez la majorité des personnes immunodéprimées. Il n'existe actuellement pas de traitement spécifique. La ribavirine, médicament antiviral, peut être prescrit aux personnes immunodéprimées mais pas aux femmes enceintes du fait de ses effets tératogènes. Une meilleure caractérisation du cycle de vie du virus est nécessaire pour développer des vaccins ou des antiviraux spécifiques.

La puissance d'AlphaFold

Le programme AlphaFold (développé par DeepMind), basé sur l'intelligence artificielle, a déjà démontré sa capacité à produire des modèles structuraux de protéines pertinents, même en l'absence de forte identité de séquence avec des protéines de structure connue. En utilisant le programme, l'équipe « Interactions et mécanismes d'assemblage des protéines et des peptides » de l'I2BC a modélisé la structure tridimensionnelle de la polyprotéine de 1700 résidus pORF1 qui contient les activités enzymatiques nécessaires à la synthèse de nouveaux génomes du VHE dans les cellules infectées.

Dans un article publié dans Virology, les auteurs décrivent la structure obtenue de pORF1. C'est une protéine à cinq domaines. Le premier d'entre eux contient à la fois les activités nécessaires pour coiffer les nouveaux ARN viraux et des éléments interagissant avec la membrane. Jusque-là, ces deux activités étaient attribuées à deux domaines distincts (domaine méthyltransférase et domaine Y). Les auteurs proposent que ce domaine s'assemble en dodécamère, formant ainsi un pore qui couple l'acquisition de la coiffe par les ARNs nouvellement synthétisés à leur translocation du compartiment membranaire de réplication vers le cytosol.

Ce travail constitue un pas en avant dans la définition des cibles moléculaires de futurs antiviraux pour le VHE.

Pour en savoir plus, lire l’actualité publiée sur le site de l’I2BC : « Accurate atomic model of the hepatitis E virus replication polyprotein »

Contact Joliot :

Sonia Fieulaine (sonia.fieulaine@i2bc.paris-saclay.fr)

Stéphane Bressanelli (stephane.bressanelli@I2BC.paris-saclay.fr)



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