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Laboratoire | Cerveau | Informatique

Thèmes de recherche

Brainomics


Vincent Frouin est responsable de ce projet.



Publié le 15 mars 2019
 

L'équipe Brainomics s'intéressent aux méthodes d'intégration de données d'imagerie-génétique et à l'application de ces méthodes pour les neurosciences, la psychiatrie, l'étude des maladies neurodégénératives ou encore la neuro-oncologie. 

Imagerie-génétique

Les données imagerie-génétique comprennent des phénotypes riches issus de l'imagerie IRM (structurale, fonctionnelle ou diffusion) des mesures moléculaires à haut débit (génotypage, expression des gènes) pour des cohortes avec n ~ 100  à 10.000 sujets. Ces études sont menées le plus souvent sur une population générale pour tenir compte de l'environnement et de son interaction avec la génétique. L'objectif est d'étudier le rôle de la génétique et des perturbations environnementales dans la variabilité des phénotypes riches provenant de l'imagerie, les scores comportementaux ou médicaux.

Travaux de recherche

L'intégration de l'information dans ces mesures massives et en grandes dimension obtenues à différents niveaux d'organisation du vivant est un point clé pour la production de biomarqueurs originaux, la proposition et l'étude de nouvelles thérapies. Les travaux de recherche et d'innovation de l'équipe sont menés dans deux directions :

  • le développement d'algorithmes d'association multivariées utilisant des pénalités structurées qui permettent de prendre en compte les structures de corrélation spécifique des variables en neuroimagerie ou en génétique.

  • la participation au vaste mouvement de construction en France et à l'étranger de ressources multimodales et partagées. L'équipe établit une boite à outils  permettant de construire des bases de données capables d'indexer les entités/relations complexes d'une cohorte d'imagerie-génétique et les annotations de ces données.

Collaborations

L'équipe a développé des collaborations méthodologiques  en interne et avec des équipes du Campus Saclay (Supélec, IGR) ou des industriels (Logilab, Eolen) qui ont été labellisées par des projets ANR récents (ANR IA Brainomics 2012-2014, ANR Genim 2011-2013). L'équipe collabore aussi avec CEA/IG/CNG (centre national de génotypage) d'Evry.

L'équipe est partie prenante de projets d'imagerie-génétique locaux LOCALIZER, SENIOR (vieillissement) et européens FP6/FU2 IMAGEN (santé mentale des adolescents) et FP7 IMI EU-AIMS (autisme). Ces projets offrent un accès à des cohortes imagerie-génétique et sont un sésame pour accéder d'autres ensembles de données ou des consortiums.

Membres de l'équipe

​Vincent FROUIN (chef d'équipe) ​
Dimitri PAPADOPOULOS ORFANOS
Edouard DUCHESNAY ​